化学生物学是一门由化学和生物学融合、分化而成的新兴交叉学科，其主要是在分子层次，利用化学生物技术和理论，去发现、解释和调控生命过程中所发生的一系列事件和这些事件形成的维持人体健康的生命系统，从而揭示生命现象的本质。 

为顺应化学、生物学及分子医学的交叉融合发展趋势，切实全面推动化学生物学与分子医学学科的发展，化学化工学院决定成立化学生物学与分子医学研究所和化学生物学系，实行系所一体化管理运行。由李富友教授担任首任系主任/所长，顾宏周研究员担任常务副系主任/常务副所长，并由谭蔚泓院士担任名誉系主任/所长。化学生物学系/化学生物学与分子医学研究所计划于2023年增设化学生物学与分子医学硕士学位和博士学位授予权，招收化学生物学与分子医学专业硕士和博士，并开设相应本科课程。目前，系/所集中了上海交通大学化学、生物学、分子医学、药学等领域的多位专家学者，包含教授/研究员15人，副教授/副研究员14人，助理研究员4人，其中中科院院士5名、国家杰出青年项目获得者8名、国家优秀青年获得者3名，以及海外优青学者10名。 

化学生物学系/化学生物学与分子医学研究所聚焦化学生物学和分子医学两大研究领域，覆盖从基础研究到应用转化、高新技术研究，再到临床转化全链条工作。研究所以功能核酸及多肽为研究重点，包括但不局限于糖/肽分子的化学合成新方法、基于化学合成发光纳米材料的生物分析、基于精确自组装框架核酸的生物医学应用、基于新型生物基纳米材料的药物递送等方面研究。化学生物学系/化学生物学与分子医学研究所致力于打造一流的化学生物学与分子医学技术平台，并以培养化学生物学与分子医学领域优秀后备人才和研究团体为目标。